La stagionatura può avere una durata variabile che va da alcuni mesi a qualche anno. Avviene normalmente in locali con umidità e temperatura costanti. Un ottimo prodotto si ottiene se il locale di stagionatura è utilizzato da molto tempo ed ha potuto sviluppare le proprie muffe ed una fauna microbiologica, che danno al formaggio un gusto inconfondibile.
Il pecorino durante la stagionatura ha bisogno di continue cure, le forme devono essere girate spesso e pulite passandoci sopra dell'olio di oliva, per tenere lontani gli acari del formaggio e per impedire screpolature nella crosta. Il lavoro dello stagionatore è molto importante per la buona riuscita del formaggio ed è a lui che si deve il buon mantenimento del prodotto nel tempo.
In passato ogni contadino aveva la sua cantina dove stagionava i formaggi e i salumi, la stagionatura era una necessità per conservare le scorte che venivano prodotte solo in un certo periodo dell'anno e poterle consumare nel tempo. Il classico esempio è il pecorino 'da serbo' il cui nome deriva da 'serbare' cioè conservare.
Oggi è sempre più difficile trovare il luogo idoneo per una stagionatura naturale senza celle frigo e temperatura controllata.